由于对日本各大学的院校情况和专业设置不熟悉，很多留日学生在选专业的时候，往往会显得无所适从。
　　理科类学生由于专业对口性比较强，大多选择与本科专业相关联的学科报考。但这一类学生通常对日本大学的专业名称及各专业的侧重点不甚了解。例如，本科是计算机系的学生在选择日本大学院专业时，可报考计算机科学、数字情报学、系统情报学、电子情报学、知能情报学、创造情报学等。
　　文科类学生中，日语系学生占了相当大的一部分，日语系学生在选择专业通常会碰到阻碍，很多学生认为日语系来了日本后就等于没专业，然而其实并非这样，日语系学生的日语功夫扎实，可以比非日语系学生更快地投入专业课学习当中。即使没有专业基础，通过一段时间的专业课学习也可以达到各个大学校内考所要求的水平。此外，可供选择的专业主要有经济类、商学管理类、文学教育类、传媒类等。
　　希望继续攻读本专业的学生当中，本科专业是医药学或建筑学的学生需要格外注意。医药学对于留学生的英语和专业知识要求极高，并注重学生本科的研究方向。同时，很多学校的建筑学专业要求考生提交原创作品。
　　希望转专业的学生通常都是理转文，文转理的情况非常少见。转专业的时候切记不要盲目跟随大流，一定要根据自身情况出发，选择最适合自己的专业。譬如本身数学基础很不好，却因就业好等其他因素而盲目转学经济，这样做只有百害而无一利。